Kurikulum yang digunakan dalam pendidikan dokter adalah Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) yang terintegrasi baik horizontal maupun vertikal serta berorientasi pada masalah individu, keluarga, dan masyarakat dalam konteks pelayanan kesehatan primer. Praktik klinik dirancang sebagai modul klinik terintegrasi dimana setiap modul klinik dirancang sedemikian rupa sehingga terjadi integrasi Antara ilmu klinik medik, ilmu bedah, ilmu penunjang medik, dan ilmu kedokteran komunitas dengan memperhatikan prinsip metode ilmiah dan prinsip metode spiral dan mengacu pada pencapaian standar karakter dan kompetensi dokter Muhammadiyah (SKKDM).
Pada Standar Kompetensi Dokter Indonesia tahun 2012 ditambahkan daftar masalah, daftar penyakit, daftar keterampilan klinik.